Từ ngày 01/07/2026, Luật Quản lý thuế 2025 chính thức có hiệu lực, quy định cụ thể hơn về các trường hợp cơ quan thuế, cơ quan hải quan tiến hành kiểm tra thuế trực tiếp tại trụ sở của người nộp thuế. Việc nắm rõ các trường hợp áp dụng, cũng như thời hạn kiểm tra theo quy định mới sẽ giúp người nộp thuế chủ động trong việc chuẩn bị hồ sơ, phối hợp với cơ quan có thẩm quyền và thực hiện đúng các nghĩa vụ theo quy định của pháp luật.

1. Những trường hợp kiểm tra thuế trực tiếp tại trụ sở của người nộp thuế từ ngày 01/07/2026

Trước hết, căn cứ theo khoản 6 Điều 4 Luật Quản lý thuế 2025, “trụ sở của người nộp thuế” được định nghĩa là địa điểm người nộp thuế tiến hành một phần hoặc toàn bộ hoạt động kinh doanh, bao gồm trụ sở chính, chi nhánh, cửa hàng, nơi sản xuất, nơi để hàng hóa, nơi để tài sản dùng cho sản xuất, kinh doanh; nơi cư trú hoặc nơi phát sinh nghĩa vụ thuế.

Căn cứ theo điểm a và điểm b Điều 22 Luật Quản lý thuế 2025, cơ quan thuế và cơ quan hải quan kiểm tra thuế trực tiếp tại trụ sở của người nộp thuế trong các trường hợp sau:

-       Hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế;

-       Hồ sơ thuộc diện kiểm tra sau hoàn thuế đối với hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước theo nguyên tắc quản lý rủi ro trong quản lý thuế và trong thời hạn 05 năm kể từ ngày ban hành quyết định hoàn thuế;

-       Có dấu hiệu vi phạm pháp luật trong lĩnh vực thuế;

-       Được lựa chọn theo kế hoạch, chuyên đề;

-       Theo yêu cầu, đề nghị của cơ quan, người có thẩm quyền;

-       Người nộp thuế có rủi ro cao thuộc trường hợp: chia, tách, sáp nhập, hợp nhất, chuyển đổi loại hình doanh nghiệp, phá sản, giải thể, chấm dứt hoạt động, cổ phần hóa, chấm dứt hiệu lực mã số thuế, chuyển địa điểm kinh doanh; 

-       Kiểm tra theo yêu cầu của việc giải quyết khiếu nại, tố cáo về thuế;

-       Hồ sơ miễn thuế, giảm thuế, không thu thuế của người nộp thuế có rủi ro cao;

-       Cơ quan hải quan thực hiện kiểm tra thực tế đối với hàng hóa xuất khẩu, hàng hóa nhập khẩu trong trường hợp cần thiết và còn đủ điều kiện.

Ngoài ra, căn cứ theo điểm c khoản 3 Điều 22 Luật Quản lý thuế 2025, đối với các trường hợp kiểm tra thuế được lựa chọn theo kế hoạch, chuyên đề và các trường hợp chia, tách, sáp nhập, hợp nhất, chuyển đổi loại hình doanh nghiệp, phá sản, giải thể, chấm dứt hoạt động, cổ phần hóa, chấm dứt hiệu lực mã số thuế, chuyển địa điểm kinh doanh, cơ quan thuế thực hiện kiểm tra tại trụ sở của người nộp thuế không quá 01 lần trong 01 năm. Tuy nhiên, quy định này không áp dụng đối với các trường hợp kiểm tra lại quy định tại điểm a khoản 6 Điều 22 Luật Quản lý thuế 2025, cụ thể bao gồm các trường hợp sau:

-       Ban hành quyết định kiểm tra thuế trái thẩm quyền;

-       Có vi phạm về trình tự, thủ tục trong quá trình tiến hành kiểm tra dẫn đến sai lệch về nội dung của kết luận kiểm tra, quyết định về xử lý vi phạm hành chính về quản lý thuế;

-       Có sai lầm trong việc áp dụng pháp luật khi xử lý vi phạm hành chính về quản lý thuế, kết luận kiểm tra;

-       Nội dung kết luận, xử lý vi phạm hành chính về quản lý thuế không phù hợp với những chứng cứ thu thập được trong quá trình kiểm tra;

-       Người ra quyết định kiểm tra, trưởng đoàn kiểm tra, thành viên đoàn kiểm tra cố ý làm sai lệch hồ sơ vụ việc hoặc cố ý kết luận, xử lý vi phạm hành chính về quản lý thuế trái pháp luật;

-       Có dấu hiệu vi phạm pháp luật nghiêm trọng trong lĩnh vực thuế của người nộp thuế thuộc phạm vi quyết định kiểm tra thuế chưa được phát hiện đầy đủ qua kiểm tra thuế.

-       Có dấu hiệu vi phạm pháp luật về thuế của người nộp thuế thuộc phạm vi quyết định kiểm tra thuế nhưng chưa được kiểm tra, phát hiện, chưa được kết luận hoặc đã kết luận nhưng chưa đầy đủ, chính xác.

2. Thời hạn kiểm tra thuế

Căn cứ theo điểm d khoản 3 Điều 22 Luật Quản lý thuế 2025, thời hạn kiểm tra thuế là không quá 20 ngày, kể từ ngày công bố quyết định kiểm tra, trường hợp cần thiết thì có thể gia hạn 01 lần nhưng không quá 20 ngày. Thời hạn kiểm tra thuế đối với doanh nghiệp có giao dịch liên kết không quá 40 ngày, trường hợp cần thiết thì có thể gia hạn 01 lần nhưng không quá 40 ngày. Trường hợp cần thu thập, trao đổi thông tin với cơ quan thuế nước ngoài thì thời hạn kiểm tra thuế có thể kéo dài nhưng không quá 02 năm. Thời hạn kiểm tra quy định tại điểm này không bao gồm thời gian tạm dừng kiểm tra theo thông báo của cơ quan quản lý thuế.

Có thể thấy, Luật Quản lý thuế 2025 đã quy định cụ thể các trường hợp cơ quan thuế, cơ quan hải quan kiểm tra thuế trực tiếp tại trụ sở của người nộp thuế, đồng thời xác định giới hạn về số lần kiểm tra theo kế hoạch trong năm đối với những trường hợp nhất định và thời hạn thực hiện kiểm tra. Việc nắm vững các quy định này không chỉ giúp người nộp thuế chủ động trong việc thực hiện nghĩa vụ thuế mà còn góp phần bảo đảm hoạt động kiểm tra được thực hiện đúng trình tự, thẩm quyền và đúng quy định của pháp luật.